解放军总医院第二附属医院又称解放军第309医院（解放军总参谋部总医院）位于北京市海淀区黑山扈，南接皇家园林颐和园，北靠百望山森林公园，西临西山风景区，东衔京密运水河。医院于1958年组建，先后隶属解放军总医院、总后勤部和总参谋部。
医院占地75万平方米，其中，国家一级森林山地48万平方米，建筑面积20余万平方米。是国家首批三级甲等综合医院、全国先进基层党组织、全国民族团结进步模范集体、全军的先进基层党委、北京市医疗保险定点医院、首都精神文明单位、北京市花园式绿化美化单位、北京市物价计量信得过单位。医院还是博士后科研工作站、总参卫生技术培训中心，是军医进修学院、军事医学科学院、第四军医大学、山西医科大学、徐州医学院、河北北方学院、北京市结核病胸部肿瘤研究所等大专院校的硕博研究生联合培养单位，是第四军医大学、天津医科大学、武警医学院、徐州医学院、河北北方学院等院校的教学医院。
医院专业学科齐全，诊疗技术先进，医疗设备现代，生活设施完善，人文底蕴深厚。医院设置有国家重点学科全军结核研究所、全军器官移植中心等53个专业学科，展开床位1700余张，2010年门急诊104万人次、住院3.5万人次、手术2.1万人次、医疗收入达到10.5亿元。拥有价值近4亿元的1.5T核磁共振、320排CT、PET-CT、伽玛刀、液相色谱质谱联用仪、全自动免疫磁性细胞分选仪、流式细胞仪、实时荧光PCR仪、磁性细胞分选系统、气雾攻击仪等医疗、科研设施设备，HIS、PACS、LIS等临床应用信息系统建设完备。现有高职200余名，主系列硕博学历达到85%以上，硕博研究生导师53名，客座教授18名，在院研究生100余名、进修生和实习生500余名。
“十一五”期间，与科研院所的国家重点实验室建立协作关系，借助优质条件开展科学研究；依托科研协作企业，建设转化医学基地，建立长期战略合作伙伴关系。承担国家、军队（省部）级科研课题79项，获支持经费达8000余万元，其中863、973课题３项、国家重大专项和科技支撑课题15项、国家自然科学基金课题18项、军队及北京市基金课题43项。获省部级二等奖以上科技成果40余项，获得国家专利10余项，促进成果转化5项，新建成果转化基地3处，登记主编出版医学专著70余部，发表SCI、EI收录期刊论文88篇。教室、模拟实训室、图书馆、医学情报检索系统、学生宿舍等教学设施配套完善，同时建有内科、外科、护理、结核与呼吸道传染病教研室。